妨害國境衛生檢疫罪的主體是檢疫傳染病染疫人、染疫嫌疑人以及其他特定主體。“染疫人”是指正在患檢疫傳染病的人，或者經衛生檢疫機關初步診斷，認為已經感染檢疫傳染病或者已經處于檢疫傳染病潛伏期的人。“染疫嫌疑人”是指接觸過檢疫傳染病的感染環境，并且可能傳播檢疫傳染病的人。